Ông không tham dự lễ tuyên thệ nhậm chức được tổ chức sau đó cùng ngày cho người bạn cũ, giờ là đối thủ chính trị, Thomas Jefferson, người sớm thay thế Adams tại dinh thự tổng thống còn chưa xây dựng xong.

Sau thất bại cay đắng trong cuộc bầu cử vào năm trước đó, Adams đã thiết lập một tiền lệ quan trọng cho nước Mỹ. Việc ông lặng lẽ rời đi đánh dấu lần chuyển giao quyền lực trong hòa bình đầu tiên giữa hai đối thủ chính trị, hiện được xem là dấu ấn của nền dân chủ Mỹ. Kể từ đó, người thua trong các kỳ bầu cử tổng thống Mỹ đều sẵn lòng chuyển giao quyền lực cho người thắng trong hòa bình, bất chấp mọi thù hận cá nhân hoặc chia rẽ chính trị có thể tồn tại giữa hai ứng viên.

Hiến pháp Mỹ không đề cập tới các đảng phái chính trị, vì nhiều nhà sáng lập coi các phe phái là mối đe dọa của nền dân chủ. "Những bất hòa thường thấy và liên tục của tinh thần đảng phái đủ khiến những người khôn ngoan có quyền và nghĩa vụ ngăn cản và kiềm chế nó", tuyên bố nổi tiếng của George Washington, tổng thống đầu tiên của Mỹ, năm 1796, sau khi quyết định rời đi sau hai nhiệm kỳ lãnh đạo đất nước.

Bức họa chân dung tổng thống John Adams của họa sĩ John Trumbull năm 1793. Ảnh: National Portrait Gallery.

Nhưng tinh thần đảng phái vẫn tồn tại ở Mỹ, thậm chí trong chính nội các của Washington. Khi là ngoại trưởng đầu tiên của Mỹ, Jefferson nhiều lần xung đột với bộ trưởng tài chính Alexander Hamilton về quyền lực ngày càng lớn của chính phủ liên bang, điều mà ông không tin tưởng. Năm 1791, Jefferson và James Madison thành lập đảng Dân chủ - Cộng hòa để chống lại các chương trình chế độ liên bang đầy tham vọng của Hamilton, trong đó có hệ thống ngân hàng quốc gia mới.

Trong cuộc bầu cử năm 1796, Jefferson và Adams, khi đó là phó tổng thống, đã cạnh tranh để kế nhiệm Washington và Adams đã giành chiến thắng sít sao. Bởi Hiến pháp không có quy định đảng phái chính trị, hệ thống bầu cử tổng thống Mỹ cũng không đề cập tới yếu tố này. Do đó, ứng viên Adams, người giành được nhiều phiếu bầu nhất, trở thành tổng thống và Jefferson làm phó tổng thống.

Trong suốt nhiệm kỳ tổng thống của Adams, phe Dân chủ - Cộng hòa và phe Liên bang liên tục xung đột trên mọi vấn đề từ thuế tới tôn giáo, đặc biệt là vấn đề nan giải về chính sách mà đất nước phải đối mặt: làm thế nào để đối phó với Cách mạng Pháp đang diễn ra. Jefferson và đồng minh của ông ủng hộ liên minh với Pháp, trong khi Adams và phe Liên bang nghiêng về mối quan hệ bền chặt hơn với Anh và cố gắng kiểm soát bằng cách thông qua Đạo luật Người nước ngoài và Chống nổi loạn gây tranh cãi, cho phép Adams tống giam tất cả người chống lại ông.

Các quan điểm trái ngược giữa hai phe tiếp tục trở thành trọng tâm của chiến dịch tranh cử tổng thống năm 1800. Tài liệu tuyên truyền và báo chí của phe Liên minh coi những người ủng hộ liên minh với Pháp như phần tử nguy hiểm, trong khi phe Dân chủ - Cộng hòa cáo buộc người muốn bắt tay với Anh muốn tái lập chế độ quân chủ.

Trong khi đó, chính nội bộ phe Liên bang cũng chia rẽ. Hamilton công kích Adams, thậm chí còn lên kế hoạch kêu gọi người phe Liên bang ủng hộ cho ứng viên thứ hai của đảng năm đó là Charles Cotesworth Pinckney, nhưng không thành công.

Quá trình kiểm phiếu năm đó cũng đầy hỗn loạn. Jefferson và người đồng hành Aaron Burr đánh bại Adams và Pinckney, nhưng cả hai đều nhận được số phiếu bằng nhau. Khi nội bộ đảng Dân chủ - Cộng hòa không thể dàn xếp quyết định ai làm tổng thống và phó tổng thống, Hạ viện Mỹ năm đó phải tổ chức một cuộc bầu cử phụ và phần thắng cuối cùng thuộc về Jefferson. Để tránh kịch bản này lặp lại, Tu chính án 12 năm 1804 đã quy định tổ chức riêng hai cuộc bầu cử tổng thống và phó tổng thống riêng rẽ.

Trước khi rời văn phòng, Adams đã bổ nhiệm vài vị trí tư pháp của đảng Dân chủ - Cộng hòa, trong đó đưa John Marshall làm chánh án Tòa án Tối cao, điều mà Adams về sau gọi là "hành động đáng tự hào nhất" trong cuộc đời ông. Sau đó, ông chọn không tham dự lễ nhậm chức của Jefferson nhưng chưa từng công bố lý do, và rời Washington vào sáng sớm hôm đó để quay về thành phố quê nhà Quincy ở bang Massachusetts.

Từ năm 1801, chuyển giao quyền lực trong hòa bình luôn được xem là dấu ấn của chính phủ Mỹ, cùng với đó là hệ thống hai đảng được xem như yếu tố quan trọng để đảm bảo một nền dân chủ lành mạnh.

Ngoài Adams, hầu hết tổng thống Mỹ đều lựa chọn tham dự lễ nhậm chức của người kế nhiệm. Tuy nhiên, vẫn có một số trường hợp ngoại lệ đáng chú ý là con trai của John Adams, John Quincy Adams, người đã từ chối tham dự lễ nhậm chức của Andrew Jackson, tổng thống thứ 7 của Mỹ, vào năm 1829. Cựu tổng thống thứ 17 của Mỹ Andrew Johnson cũng từ chối tham dự buổi lễ của người kế nhiệm Ulysses S. Grantas năm 1969, thay vào đó chọn tổ chức phiên họp nội các cuối cùng.

Cách tổ chức lễ kế nhiệm tổng thống của Mỹ cũng thay đổi trong nhiều năm qua, theo Ủy ban Liên hiệp Quốc hội về Lễ nhậm chức tổng thống. Năm 1837, Jackson và người kế nhiệm Martin Van Buren, tổng thống thứ 8, bắt đầu buổi lễ truyền thống bằng cách cưỡi ngựa cùng nhau tới lễ nhậm chức ở Đồi Capitol. Cho tới đầu thế kỷ 20, tổng thống và người kế nhiệm thường cùng nhau trở về Nhà Trắng sau các nghi lễ nhậm chức. Tổng thống thứ 26 Theodore Roosevelt là người đầu tiên thay đổi mô hình này vào năm 1909, khi ông đi thẳng từ Đồi Capitol tới nhà ga Union để lên tàu về New York.

Những tổng thống sau này của Mỹ, như Harry Truman, Dwight D. Eisenhower và Lyndon B. Johnson, đã rời Đồi Capitol bằng ôtô. Kể từ lần rời nhiệm sở của Gerald Ford năm 1977, các tổng thống và đệ nhất phu nhân thường rời lễ nhậm chức bằng trực thăng, để người kế nhiệm của họ sau đó tham dự bữa tiệc trưa trong Điện Capitol.